Devido à sua grande extensão, o território foi dividido em três núcleos geográficos: Sertão Veredas, Pandeiros e Peruaçu. A divisão, pensada para possibilitar a gestão em nível local, a implementação de projetos e a fiscalização no território, orienta também a experiência do visitante. Cada um desses espaços guarda características ambientais, sociais e culturais específicas, compondo uma rede de sociobiodiversidade.